Fermantasyonda ETS kullanılmaz. ETS oksidatif fosforilasyon yapıldığı zaman kullanılır. Fermantasyonda sadece substrat düzeyinde fosforilasyon vardr. Oksijensiz solunum ve oksijenli solunumda ETS vardır diyebiliriz. ETS daha çok oksijenli solunumda özdeşleşmişse bile ETS kullanılan oksijensiz solunum da vardır. Ancak fermantasyon daha basit bir süreçtir. Bu süreçte ETS gibi gelişmiş bir sistem kullanılmaz.

Eğer glikoliz reaksiyonlarında çıkan ürünler oksijenli solunuma aktarılırsa ETS (elektron taşıma sistemi) elemanları devreye girer. Fosforilasyon subsrat düzeyinden sonra bu sefer oksidatif düzeyde devam eder. Dolayısıyla enerji verimi de oldukça yüksektir.