İngiltere'de Manchester üniversitesinde araştırmalar yapan Yeni Zelanda doğumlu Ernest Rutherford adındaki bilim insanı atom ile ilgili önemli çalışmalar yapmıştır. Bu çalışmaları Rutherford atom modeli adıyla ünlenmiştir. 1900'lü yılların başından yayımlanan bu model atomla ilgili yeni ve önemli bilgiler içermekteydi.

Ernest Rutherford atom ile ilgili düşünceleri maddeler halinde şöyle özetlenebilir:

Atomun merkezinde çekirdek bulunur.

• Çekirdekte pozitif yükler vardır.
• Atomun büyük bir kısmı boşluktan oluşmuştur.
• Boşluğun kapladığı alan çekirdeğinkinden daha büyüktür.
• Atom ağırlığının yaklaşık yarısı protonlardan kaynaklanmaktadır.

Bu modelle birlikte Thomson'ın ortaya koyduğu üzümlü kek modelinin yerini merkezinde çekirdek olan yeni atom modeli almıştır. Çekirdek kavramı bu modelin en önemli özelliğidir. Ayrıca çekirdekte pozitif yüklerin (protonların) toplanması fikri çok önemlidir. Gerçekten de atomun kütlesinin yaklaşık yarısı protonlardan ileri gelmektedir.